然而，随着时代的变迁，尤其是在晚清和民国时期，女巫的地位却陷入了前所未有的两极分化。一方面，在一些普通民众中，女巫依然享有极高的声望。尤其是偏远地区和底层社会，许多人尤其是女性，仍旧视女巫为神灵的使者，甚至奉若神明。在这个时期，女巫的称谓也多种多样，包括“师娘”、“灵姑”、“仙姑”等等。
尽管新思想逐渐传入中国，民众对科学的认知不断提升，但在经济困窘和对现代医学不了解的背景下，许多底层人民仍然倾向于求助于巫医。巫医通常通过香灰和符咒来治疗疾病，病人则被要求在家中设立佛龛，向神明祈求健康。这种方法并没有科学依据，但由于底层民众对鬼神的深深敬畏，即使巫术无效，也很少有人敢质疑。而如果巫术恰好能“治愈”一些疑难杂症，女巫的声誉便会迅速攀升，前来求治的人络绎不绝。
与此同时，女巫也经常进行“驱魂”之术，一些病人在接受巫术后并未立即康复，但几年后自愈，女巫便会宣称这是当年施法的功劳。虽然从现代角度来看，这种说法颇具“马后炮”之嫌，但仍然有许多人信以为真，尤其是女性群体，社会的性别角色也在其中发挥了重要作用。
在福建一带，女巫还有“问亡”之术，即通过催眠使生者与死者“对话”，这种做法与现代的“通灵”有相似之处。部分女巫会声称腹中有神灵附身，通过腹语与求问者交流，这显然是一种巧妙的骗术，用以从信徒那里骗取财物。
然而，女巫的行当并非不受政府及知识分子的批判。清朝晚期，政府就曾严令禁止与巫术有关的活动，甚至要求禁止“私设神坛”。民国初年，政府在西方思想的影响下，开始加强对封建迷信的打压，认为女巫和其他迷信活动妨碍社会发展和进步。
这一时期，女巫成为了上层社会和知识分子的攻击对象。从传统士绅的角度来看，女巫行为荒唐，甚至有些人以“女巫”的名义进行不道德的行为，诸如通奸或强暴妇女等。这使得士绅们认为，女巫不仅破坏了社会伦理，还给社会带来了混乱，必须加以严厉打击。
另一方面，随着新一代知识分子的崛起，许多人开始将女巫视为“封建糟粕”，认为其对国家的现代化进程构成了严重障碍。特别是抗战爆发后，学者们更是把女巫等迷信活动与“国难”联系起来，认为只有通过普及教育和科学思想，才能摒弃这些落后的观念和行为。
尽管不同群体的出发点不同，但对女巫的批判和打压渐成共识。晚清民国时期，中国社会正在经历激烈的思想碰撞，西方先进的民主和科学理念与传统的封建思想不断冲突。在上层社会，民主与科学成为主流，而底层社会由于信息闭塞，仍然受封建迷信的影响，女巫在其中的地位依然稳固。
如今，随着科学技术的不断进步，社会思想也日益开明。对于现代人来说，女巫无疑是一种迷信行为，完全没有任何科学依据。将女巫和巫术剥离掉神秘的外衣，我们可以看到，它们不过是一些普通妇女通过欺骗手段谋生的方式。女巫能够在古代中国延续数千年，主要原因在于那个时代科学未发展，很多现象无法通过合理的解释来说明。而随着科学的普及和教育的深入，女巫的存在已不再有土壤，整个群体的生存空间已经彻底消失。
这不仅是社会进步的表现，也是历史发展的必然趋势。
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